Endometriozisin kesin etiyolojisi halen bilinmemektedir. Retrograd menstrüasyon olarak bilinen en yaygın kabul gören teoriye göre, adet akışı sırasında endometriyal doku fallop tüplerinden geriye doğru akarak pelvik ve karın boşluklarına yerleşir ve burada büyümeye devam eder. Ayrıca, değişmiş bir bağışıklık yanıtının bu ektopik endometriyal implantların kalıcılığına ve çoğalmasına katkıda bulunabileceği de hipotez edilmektedir.