एंडोमेट्रियोसिस का सटीक कारण अभी भी अज्ञात है। सबसे व्यापक रूप से स्वीकृत सिद्धांत, जिसे रेट्रोग्रेड मासिक धर्म (retrograde menstruation) के नाम से जाना जाता है, यह बताता है कि मासिक धर्म के प्रवाह के दौरान, एंडोमेट्रियल ऊतक फैलोपियन ट्यूब के माध्यम से पीछे की ओर बहता है और श्रोणि तथा पेट की गुहाओं में स्थापित हो जाता है, जहाँ यह बढ़ता रहता है। यह भी परिकल्पना की गई है कि एक परिवर्तित प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया इन एक्टोपिक एंडोमेट्रियल प्रत्यारोपणों के बने रहने और बढ़ने में योगदान कर सकती है।