Точная этиология эндометриоза остается неизвестной. Наиболее широко принятая теория, известная как ретроградная менструация, предполагает, что во время менструального кровотечения ткань эндометрия движется обратно через фаллопиевы трубы и имплантируется в полости малого таза и брюшной полости, где продолжает расти. Также выдвигается гипотеза, что измененный иммунный ответ может способствовать сохранению и пролиферации этих эктопических эндометриальных имплантатов.