Embora a causa exata da espinha bífida não seja totalmente compreendida, acredita-se que certos fatores durante a gravidez aumentem o risco. Especificamente, a deficiência de ácido fólico, que é vital para o desenvolvimento cerebral e nervoso fetal, é um dos principais fatores que aumentam significativamente o risco de espinha bífida. Adicionalmente, a exposição à radiação ou a campos magnéticos fortes durante a gravidez também é considerada um fator de risco potencial.