Aunque la causa exacta de la espina bífida no se comprende completamente, se cree que ciertos factores durante el embarazo aumentan el riesgo. Específicamente, la deficiencia de ácido fólico, vital para el desarrollo del cerebro y el sistema nervioso del feto, es uno de los principales factores que incrementan significativamente el riesgo de espina bífida. Además, la exposición a radiación o campos magnéticos fuertes durante el embarazo también se considera un factor de riesgo potencial.