Bien que la cause exacte du spina-bifida ne soit pas entièrement comprise, certains facteurs pendant la grossesse sont considérés comme augmentant le risque. Plus précisément, la carence en acide folique, essentielle au développement du cerveau et du système nerveux du fœtus, est l'un des principaux facteurs augmentant significativement le risque de spina-bifida. De plus, l'exposition aux rayonnements ou à des champs magnétiques puissants pendant la grossesse est également considérée comme un facteur de risque potentiel.