O diagnóstico de quisto pilonidal (seio pilonidal) pode ser facilmente feito através de um exame físico realizado por um cirurgião geral. Durante este exame, a sensibilidade na fenda interglútea, inchaço, abscesso ou a presença de uma abertura sinusal (orifício) na região do cóccix são indicadores suficientes para o diagnóstico. Em casos de infeção grave, podem ser solicitados exames de sangue para avaliar a extensão da infeção. Geralmente, exames de imagem (ressonância magnética, ultrassom, etc.) não são necessários para o diagnóstico de quistos pilonidais.