O tracoma afeta principalmente a conjuntiva, causando inflamação e danos graves. Infecções repetidas levam à cicatrização na superfície interna das pálpebras, o que pode criar áreas ásperas que esfregam contra a córnea. Esta cicatrização também pode fazer com que as pálpebras virem para dentro (entropião) ou para fora (ectrópio). Se não for tratado, a irritação crônica e o subsequente dano corneano, incluindo úlceras e a formação de pannus, podem, em última análise, resultar em cegueira irreversível. Sintomas adicionais comumente observados incluem dor, inchaço da pálpebra, comichão, lacrimejamento excessivo e secreção ocular.