ट्रेकोमा मुख्य रूप से कंजाक्तिवा को प्रभावित करता है, जिससे गंभीर सूजन और क्षति होती है। बार-बार होने वाले संक्रमणों से पलकों की भीतरी सतह पर निशान पड़ जाते हैं, जिससे खुरदुरे क्षेत्र बन सकते हैं जो कॉर्निया से रगड़ते हैं। यह निशान पलकों को अंदर की ओर (एंट्रोपियन) या बाहर की ओर (एक्ट्रोपियन) मुड़ने का कारण भी बन सकते हैं। यदि अनुपचारित छोड़ दिया जाए, तो पुरानी जलन और उसके बाद कॉर्निया को होने वाली क्षति, जिसमें अल्सर और पैनस का निर्माण शामिल है, अंततः अपरिवर्तनीय अंधापन का कारण बन सकती है। अतिरिक्त रूप से देखे जाने वाले सामान्य लक्षणों में दर्द, पलकों में सूजन, खुजली, अत्यधिक पानी आना और आँखों से स्राव शामिल हैं।