Le trachome affecte principalement la conjonctive, provoquant une inflammation et des lésions graves. Les infections répétées entraînent la formation de cicatrices sur la surface interne des paupières, ce qui peut créer des zones rugueuses qui frottent contre la cornée. Ces cicatrices peuvent également provoquer l'enroulement des paupières vers l'intérieur (entropion) ou vers l'extérieur (ectropion). Sans traitement, l'irritation chronique et les lésions cornéennes subséquentes, y compris les ulcères et la formation de pannus, peuvent finalement entraîner une cécité irréversible. Les symptômes supplémentaires couramment observés incluent la douleur, le gonflement des paupières, les démangeaisons, un larmoiement excessif et des sécrétions oculaires.