O tratamento da disenteria foca-se principalmente na reidratação para compensar a perda de líquidos, o que é crucial. Soluções de reidratação oral são geralmente preferidas. No entanto, em casos de desidratação grave, especialmente se o paciente não conseguir consumir líquidos e alimentos suficientes por via oral devido a náuseas e vómitos intensos, a administração inicial de fluidos por via intravenosa (IV) pode ser necessária.

Para formas graves de disenteria, o tratamento estende-se para além da gestão de fluidos, incluindo terapia direcionada ao patógeno microbiano específico. A disenteria amebiana é tratada com medicamentos antiparasitários, como o metronidazol, para eliminar as amebas. Na disenteria bacilar, são prescritos antibióticos eficazes contra bactérias Shigella. É importante notar que medicamentos antidiarreicos geralmente não são recomendados no tratamento da disenteria. A necessidade de terapia antibiótica será determinada por um médico, pois alguns casos podem resolver-se sem eles.