El tratamiento de la disentería se centra principalmente en la rehidratación para compensar la pérdida de líquidos, lo cual es crucial. Las soluciones de rehidratación oral son generalmente preferidas. Sin embargo, en casos de deshidratación grave, especialmente si el paciente no puede consumir suficientes líquidos y alimentos por vía oral debido a náuseas y vómitos intensos, puede ser necesaria la administración inicial de líquidos por vía intravenosa (IV).

Para las formas graves de disentería, el tratamiento se extiende más allá del manejo de líquidos para incluir terapia dirigida al patógeno microbiano específico. La disentería amebiana se trata con medicamentos antiparasitarios, como el metronidazol, para eliminar las amebas. En la disentería bacilar, se prescriben antibióticos eficaces contra las bacterias Shigella. Es importante señalar que los medicamentos antidiarreicos generalmente no se recomiendan en el tratamiento de la disentería. La necesidad de terapia antibiótica será determinada por un médico, ya que algunos casos pueden resolverse sin ellos.