Die Behandlung von Ruhr konzentriert sich hauptsächlich auf die Rehydrierung zum Ausgleich von Flüssigkeitsverlusten, was entscheidend ist. Orale Rehydrierungslösungen werden im Allgemeinen bevorzugt. Bei schwerer Dehydrierung, insbesondere wenn der Patient aufgrund starker Übelkeit und Erbrechens nicht genügend Flüssigkeit und Nahrung oral aufnehmen kann, kann jedoch eine anfängliche intravenöse (IV) Flüssigkeitszufuhr erforderlich werden.

Bei schweren Formen der Ruhr umfasst die Behandlung über das Flüssigkeitsmanagement hinaus auch eine Therapie, die auf den spezifischen mikrobiellen Erreger abzielt. Amöbenruhr wird mit antiparasitären Medikamenten wie Metronidazol behandelt, um die Amöben zu eliminieren. Bei bakterieller Ruhr werden Antibiotika verschrieben, die gegen Shigella-Bakterien wirksam sind. Es ist wichtig zu beachten, dass Antidiarrhoika bei der Behandlung von Ruhr im Allgemeinen nicht empfohlen werden. Die Notwendigkeit einer Antibiotikatherapie wird von einem Arzt festgelegt, da einige Fälle auch ohne Antibiotika abklingen können.