Le traitement de la dysenterie se concentre principalement sur la réhydratation pour compenser la perte de liquide, ce qui est crucial. Les solutions de réhydratation orale sont généralement préférées. Cependant, en cas de déshydratation sévère, surtout si le patient est incapable de consommer suffisamment de liquides et d'aliments par voie orale en raison de nausées et vomissements intenses, une administration initiale de liquides par voie intraveineuse (IV) peut être nécessaire.

Pour les formes sévères de dysenterie, le traitement s'étend au-delà de la gestion des fluides pour inclure une thérapie ciblant l'agent pathogène microbien spécifique. La dysenterie amibienne est traitée avec des médicaments antiparasitaires, tels que le métronidazole, pour éliminer les amibes. Dans la dysenterie bacillaire, des antibiotiques efficaces contre les bactéries Shigella sont prescrits. Il est important de noter que les médicaments antidiarrhéiques ne sont généralement pas recommandés dans le traitement de la dysenterie. La nécessité d'une antibiothérapie sera déterminée par un médecin, car certains cas peuvent se résoudre sans celle-ci.