कैप्सूल एंडोस्कोपी प्रक्रिया के लिए, मरीज प्रक्रिया की सुबह खाली पेट क्लिनिक में आता है। कैप्सूल को एक गिलास पानी के साथ मरीज को निगलना होता है। कैप्सूल निगलने के दो घंटे बाद, मरीज तरल पदार्थ का सेवन कर सकता है; चार घंटे बाद, हल्का ठोस भोजन खाया जा सकता है। मरीज को लगभग छह घंटे बाद क्लिनिक वापस आने की आवश्यकता होती है। आंतों की गतिशीलता को बढ़ाकर कैप्सूल की आंत में प्रगति को सुविधाजनक बनाने के लिए, हल्की सैर की सलाह दी जाती है। हालांकि, दौड़ने, कूदने जैसे ज़ोरदार गतिविधियों और पसीना लाने वाले व्यायामों से सख्ती से बचना चाहिए। लगभग 8 घंटे की बैटरी लाइफ वाले कैप्सूल से उम्मीद की जाती है कि इस अवधि के अंत तक उसने पूरी छोटी आंत को पार करके बड़ी आंत तक पहुंच गया होगा। प्रक्रिया के दौरान, यह सुनिश्चित करने के लिए ध्यान रखा जाना चाहिए कि डिवाइस के कनेक्शन ढीले न हों, और रिकॉर्डिंग डिवाइस पर चेतावनी लाइटों की समय-समय पर जांच की जानी चाहिए। इस अवधि के अंत में, रिकॉर्डिंग डिवाइस को मरीज से हटा दिया जाता है, कंप्यूटर से जोड़ा जाता है, और सभी छवियां स्थानांतरित की जाती हैं। हजारों कैप्चर की गई छवियां विशेष सॉफ्टवेयर के माध्यम से देखने योग्य हो जाती हैं। डॉक्टर लगभग 3 घंटे तक डिवाइस द्वारा रिकॉर्ड की गई तस्वीरों की समीक्षा करता है और निष्कर्षों की रिपोर्ट करता है।