Para el procedimiento de endoscopia con cápsula, el paciente acude a la clínica en ayunas la mañana del procedimiento. La cápsula es ingerida por el paciente con un vaso de agua. Dos horas después de ingerir la cápsula, el paciente puede consumir líquidos; después de cuatro horas, se pueden ingerir alimentos sólidos ligeros. Se requiere que el paciente regrese a la clínica aproximadamente seis horas después. Para facilitar la progresión de la cápsula a través del intestino aumentando la motilidad intestinal, se recomiendan caminatas ligeras. Sin embargo, deben evitarse estrictamente actividades extenuantes como correr, saltar y ejercicios que provoquen sudoración. Se espera que la cápsula, que tiene una duración de batería de aproximadamente 8 horas, haya atravesado todo el intestino delgado y llegado al intestino grueso al final de este período. Durante el procedimiento, se debe tener cuidado de asegurar que las conexiones del dispositivo no se desplacen, y las luces de advertencia en el dispositivo de grabación deben ser verificadas periódicamente. Al final de este período, el dispositivo de grabación se retira del paciente, se conecta a una computadora y se transfieren todas las imágenes. Miles de imágenes capturadas se vuelven visibles a través de un software especial. El médico revisa las fotos grabadas por el dispositivo durante aproximadamente 3 horas e informa los hallazgos.