Kapsül endoskopi işlemi için hasta, işlem sabahı aç karnına kliniğe başvurur. Kapsül, bir bardak su ile hastaya yutturulur. Kapsül alındıktan 2 saat sonra sıvı gıdalar, 4 saat sonra ise hafif katı gıdalar tüketilebilir. Yaklaşık 6 saat sonra hastanın kliniğe geri gelmesi gerekmektedir. Bağırsak hareketlerini artırarak kapsülün bağırsak içindeki ilerleyişini kolaylaştırmak amacıyla hafif yürüyüşler yapılması önerilir. Ancak koşma, zıplama gibi yoğun aktivitelerden ve terlemeye neden olacak egzersizlerden kesinlikle kaçınılmalıdır. Yaklaşık 8 saatlik pil ömrüne sahip olan kapsülün, bu süre zarfında tüm ince bağırsağı geçerek kalın bağırsağa ulaşmış olması beklenir. İşlem süresince, kayıt cihazı bağlantılarının yerinden çıkmamasına özen gösterilmeli ve cihaz üzerindeki uyarı lambaları periyodik olarak kontrol edilmelidir. Bu süre sonunda kayıt cihazı hastadan çıkarılır, bir bilgisayara bağlanarak tüm görüntüler aktarılır. Özel bir yazılım kullanılarak çekilen binlerce görüntü incelenebilir hale gelir. Doktor, yaklaşık 3 saat süren detaylı bir inceleme ile cihaz tarafından kaydedilen fotoğrafları değerlendirir ve bulguları raporlar.