Для проведения капсульной эндоскопии пациент прибывает в клинику натощак утром в день процедуры. Капсула проглатывается пациентом со стаканом воды. Через два часа после проглатывания капсулы пациент может употреблять жидкости; через четыре часа можно принимать легкую твердую пищу. Приблизительно через шесть часов пациент должен вернуться в клинику. Для облегчения продвижения капсулы по кишечнику путем увеличения его моторики рекомендуются легкие прогулки. Однако следует строго избегать интенсивных физических нагрузок, таких как бег, прыжки, и упражнений, вызывающих потоотделение. Ожидается, что капсула, срок службы батареи которой составляет примерно 8 часов, за это время пройдет весь тонкий кишечник и достигнет толстого кишечника. Во время процедуры следует убедиться, что соединения устройства не сместились, и периодически проверять индикаторы на записывающем устройстве. По истечении этого времени записывающее устройство снимается с пациента, подключается к компьютеру, и все изображения передаются. Тысячи сделанных изображений становятся доступными для просмотра с помощью специального программного обеспечения. Врач просматривает фотографии, записанные устройством, в течение примерно 3 часов и составляет отчет о находках.