कार्डियक एमआरआई के आमतौर पर कोई ज्ञात गंभीर दुष्प्रभाव नहीं होते हैं। हालांकि, प्रक्रिया के दौरान उपयोग किए जाने वाले कंट्रास्ट एजेंट से एलर्जी प्रतिक्रियाओं का खतरा होता है, और पहले से मौजूद गुर्दे की कमी वाले रोगियों में, यदि आवश्यक सावधानी नहीं बरती जाती है, तो गुर्दे के कार्य में अस्थायी गिरावट का खतरा होता है। इन स्थितियों के अलावा, यह आमतौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया है।