МРТ сердца в целом не имеет известных серьезных побочных эффектов. Однако существует риск аллергических реакций на контрастное вещество, используемое во время процедуры, и у пациентов с ранее существовавшей почечной недостаточностью существует риск временного ухудшения функции почек, если не будут приняты необходимые меры предосторожности. За исключением этих ситуаций, это, как правило, безопасная процедура.