La resonancia magnética cardíaca generalmente no tiene efectos secundarios graves conocidos. Sin embargo, existe un riesgo de reacciones alérgicas al agente de contraste utilizado durante el procedimiento, y en pacientes con insuficiencia renal preexistente, existe un riesgo de deterioro temporal de la función renal si no se toman las precauciones necesarias. Aparte de estas situaciones, generalmente es un procedimiento seguro.