A ressonância magnética cardíaca geralmente não tem efeitos colaterais graves conhecidos. No entanto, existe o risco de reações alérgicas ao agente de contraste utilizado durante o procedimento, e em pacientes com insuficiência renal preexistente, há o risco de deterioração temporária da função renal se as precauções necessárias não forem tomadas. Além dessas situações, é geralmente um procedimento seguro.