Pour la procédure d'endoscopie par capsule, le patient se présente à la clinique à jeun le matin de l'examen. La capsule est avalée par le patient avec un verre d'eau. Deux heures après l'ingestion de la capsule, le patient peut consommer des liquides ; après quatre heures, des aliments solides légers peuvent être consommés. Le patient est tenu de retourner à la clinique environ six heures plus tard. Afin de faciliter la progression de la capsule dans l'intestin en augmentant la motilité intestinale, des marches légères sont recommandées. Cependant, les activités intenses telles que la course, le saut et les exercices provoquant la transpiration doivent être strictement évitées. La capsule, qui a une autonomie d'environ 8 heures, est censée avoir traversé l'intégralité de l'intestin grêle et atteint le gros intestin à la fin de cette période. Pendant la procédure, il convient de veiller à ce que les connexions de l'appareil ne se détachent pas, et les voyants d'avertissement de l'appareil d'enregistrement doivent être vérifiés périodiquement. À la fin de cette période, l'appareil d'enregistrement est retiré du patient, connecté à un ordinateur, et toutes les images sont transférées. Des milliers d'images capturées deviennent visualisables grâce à un logiciel spécial. Le médecin examine les photos enregistrées par l'appareil pendant environ 3 heures et rapporte les résultats.