La epididimitis generalmente se origina a partir de infecciones de transmisión sexual (ITS), en particular las causadas por bacterias como la gonorrea y la clamidia. Sin embargo, otras infecciones bacterianas también pueden provocar epididimitis. Con menor frecuencia, bacterias como Brucella o la tuberculosis pueden ser agentes causales. En la infancia, puede aparecer como una complicación de infecciones virales. En algunos casos, la infección puede extenderse al testículo del mismo lado, causando epididimorquitis (inflamación del testículo y del epidídimo).