L'épididymite résulte généralement d'infections sexuellement transmissibles (IST), en particulier celles causées par des bactéries comme la gonorrhée et la chlamydia. Cependant, d'autres infections bactériennes peuvent également provoquer une épididymite. Moins fréquemment, des bactéries comme Brucella ou la tuberculose peuvent être des agents causaux. Chez l'enfant, elle peut apparaître comme une complication d'infections virales. Dans certains cas, l'infection peut se propager au testicule du même côté, entraînant une épididymo-orchite (inflammation du testicule et de l'épididyme).