Eine Epididymitis entsteht typischerweise durch sexuell übertragbare Infektionen (STIs), insbesondere solche, die durch Bakterien wie Gonorrhoe und Chlamydien verursacht werden. Jedoch können auch andere bakterielle Infektionen zu einer Epididymitis führen. Weniger häufig können Bakterien wie Brucella oder Tuberkulose die Erreger sein. Im Kindesalter kann sie als Komplikation viraler Infektionen auftreten. In einigen Fällen kann sich die Infektion auf den Hoden derselben Seite ausbreiten und eine Epididymoorchitis (Entzündung des Hodens und des Nebenhodens) verursachen.