A epididimite geralmente surge de infecções sexualmente transmissíveis (ISTs), particularmente aquelas causadas por bactérias como a gonorreia e a clamídia. No entanto, outras infecções bacterianas também podem levar à epididimite. Menos comumente, bactérias como Brucella ou tuberculose podem ser agentes causadores. Na infância, pode aparecer como uma complicação de infecções virais. Em alguns casos, a infecção pode se espalhar para o testículo do mesmo lado, causando epididimo-orquite (inflamação do testículo e do epidídimo).