Para el diagnóstico del síndrome PFAPA, el médico evalúa detalladamente el historial médico completo del niño y sus síntomas. Posteriormente, se realiza un examen físico para identificar cualquier hallazgo físico potencial. Con el fin de asegurar que los síntomas no sean causados por otras condiciones como infecciones, enfermedades autoinmunes u otros síndromes febriles, se pueden solicitar pruebas diagnósticas adicionales.