PFAPA sendromu tanısı için çocuğun kapsamlı tıbbi geçmişi ve belirtileri doktor tarafından detaylıca değerlendirilir. Ardından, olası fiziksel bulguları belirlemek amacıyla bir fizik muayene yapılır. Belirtilerin enfeksiyonlar, otoimmün hastalıklar veya diğer ateş sendromları gibi farklı bir rahatsızlıktan kaynaklanmadığından emin olmak için ek tanı testleri istenebilir.