Para o diagnóstico da síndrome PFAPA, o histórico médico completo da criança e seus sintomas são cuidadosamente avaliados pelo médico. Em seguida, um exame físico é realizado para identificar quaisquer achados físicos potenciais. Para garantir que os sintomas não são causados por outras condições, como infecções, doenças autoimunes ou diferentes síndromes febris, testes diagnósticos adicionais podem ser solicitados.