Un examen sistémico integral es esencial durante una evaluación de infertilidad. Incluso la apariencia física general de un paciente puede ofrecer pistas significativas sobre las condiciones subyacentes. Por ejemplo, observaciones como la ausencia de una línea de cabello en retroceso, la falta de las típicas indentaciones frontales masculinas o el vello facial escaso o ausente pueden indicar etiologías hormonales.

Además de estos hallazgos iniciales, el examen debe evaluar minuciosamente:
* La presencia de ginecomastia (agrandamiento de los senos).
* El desarrollo y la distribución del vello corporal, incluyendo el pecho, las axilas, los genitales y las piernas.
* La morfología del pene y los testículos.
* La presencia de testículos dentro del escroto.
* La existencia de varicocele.
* La presencia o ausencia de los conductos deferentes (conductos espermáticos).
* La presencia de obesidad, dado su impacto potencial en la fertilidad.