Un examen systémique complet est essentiel lors d'une évaluation de l'infertilité. Même l'apparence physique générale d'un patient peut offrir des indices significatifs sur les conditions sous-jacentes. Par exemple, des observations telles que l'absence de ligne frontale reculée, le manque d'indentations typiques de la ligne frontale masculine ou des poils faciaux rares à absents peuvent indiquer des étiologies hormonales.

En plus de ces premières constatations, l'examen doit évaluer minutieusement :
* La présence de gynécomastie (élargissement des seins).
* Le développement et la répartition des poils corporels, y compris sur la poitrine, les aisselles, les organes génitaux et les jambes.
* La morphologie du pénis et des testicules.
* La présence des testicules dans le scrotum.
* L'existence d'une varicocèle.
* La présence ou l'absence des canaux déférents (conduits spermatiques).
* La présence d'obésité, étant donné son impact potentiel sur la fertilité.