No existe una cura permanente conocida para el síndrome PFAPA. El tratamiento generalmente tiene como objetivo aliviar los síntomas y controlar los ataques. Se utilizan medicamentos antipiréticos, especialmente durante los ataques de fiebre alta. Medicamentos como los corticosteroides (dosis única) y la colchicina también pueden ser beneficiosos para reducir la frecuencia y la gravedad de los ataques. Además, la amigdalectomía (extirpación quirúrgica de las amígdalas) se considera una opción de tratamiento quirúrgico eficaz para el síndrome PFAPA.