Não há cura permanente conhecida para o síndrome PFAPA. O tratamento geralmente visa aliviar os sintomas e controlar os ataques. Medicamentos antipiréticos são usados, especialmente durante ataques de febre alta. Medicamentos como corticosteroides (dose única) e colchicina também podem ser benéficos na redução da frequência e gravidade dos ataques. Além disso, a amigdalectomia (remoção cirúrgica das amígdalas) é considerada uma opção de tratamento cirúrgico eficaz para o síndrome PFAPA.