Es gibt keine bekannte dauerhafte Heilung für das PFAPA-Syndrom. Die Behandlung zielt in der Regel darauf ab, die Symptome zu lindern und die Anfälle zu kontrollieren. Fiebersenkende Medikamente werden insbesondere bei hohem Fieber eingesetzt. Medikamente wie Kortison (Einzeldosis) und Colchicin können ebenfalls dazu beitragen, die Häufigkeit und Schwere der Anfälle zu verringern. Darüber hinaus gilt die Mandelentfernung (Tonsillektomie) als eine wirksame chirurgische Behandlungsoption für das PFAPA-Syndrom.