Il n'existe pas de traitement curatif permanent connu pour le syndrome PFAPA. Le traitement vise généralement à atténuer les symptômes et à contrôler les crises. Des médicaments antipyrétiques sont utilisés, notamment lors des crises de fièvre élevée. Des médicaments tels que les corticoïdes (dose unique) et la colchicine peuvent également être bénéfiques pour réduire la fréquence et la gravité des crises. De plus, l'amygdalectomie (ablation chirurgicale des amygdales) est considérée comme une option de traitement chirurgical efficace pour le syndrome PFAPA.