La seguridad de la proloterapia depende en gran medida de la experiencia y formación del médico que realiza el procedimiento. Cuando es llevada a cabo por médicos con conocimientos y experiencia práctica suficientes, la proloterapia es generalmente un método seguro. Sin embargo, como con cualquier procedimiento que implica la inyección de una sustancia en una articulación, existen riesgos potenciales. Estos posibles efectos secundarios pueden incluir: Dolor y rigidez en el sitio de la inyección, sangrado, moretones e hinchazón, infección, reacciones alérgicas.