La sécurité de la prolothérapie dépend en grande partie de l'expérience et de la formation du médecin qui effectue la procédure. Lorsqu'elle est réalisée par des médecins possédant des connaissances et une expérience pratique suffisantes, la prolothérapie est généralement une méthode sûre. Cependant, comme pour toute procédure impliquant l'injection d'une substance dans une articulation, des risques potentiels existent. Ces effets secondaires possibles peuvent inclure : Douleur et raideur au site d'injection, saignement, ecchymoses et gonflement, infection, réactions allergiques.