Existen medicamentos antihelmínticos, tanto de venta libre como con receta, para las infecciones por oxiuros. El tratamiento suele consistir en dos dosis administradas con dos semanas de diferencia. Para prevenir la reinfección y la propagación, en la mayoría de los casos se recomienda que los miembros del hogar y los cuidadores sean tratados simultáneamente con el individuo infectado. Es esencial mantener prácticas de higiene estrictas durante todo el período de tratamiento y hasta que se completen todas las dosis.

Las infecciones intestinales protozoarias, sin embargo, no siempre requieren tratamiento. Las infecciones leves en individuos sanos a menudo se resuelven espontáneamente en unas pocas semanas. No obstante, las infecciones graves o persistentes, así como las infecciones en personas con sistemas inmunitarios debilitados, generalmente requieren medicación. Los médicos pueden recetar varios fármacos antiparasitarios según el tipo específico de parásito. En casos de diarrea, garantizar una ingesta adecuada de líquidos también es de vital importancia para prevenir complicaciones.