पिनवॉर्म संक्रमणों के लिए ओवर-द-काउंटर और प्रिस्क्रिप्शन एंटीहेल्मिंथिक दवाएं दोनों उपलब्ध हैं। उपचार में आमतौर पर दो सप्ताह के अंतराल पर दी जाने वाली दो खुराकें शामिल होती हैं। पुन: संक्रमण और फैलाव को रोकने के लिए, अधिकांश मामलों में यह सलाह दी जाती है कि संक्रमित व्यक्ति के साथ-साथ घर के सदस्यों और देखभाल करने वालों का भी एक साथ इलाज किया जाए। उपचार की अवधि के दौरान और सभी खुराकें पूरी होने तक सख्त स्वच्छता प्रथाएं आवश्यक हैं।

हालांकि, प्रोटोजोअल आंतों के संक्रमणों के लिए हमेशा उपचार की आवश्यकता नहीं हो सकती है। स्वस्थ व्यक्तियों में हल्के संक्रमण अक्सर कुछ हफ्तों के भीतर अपने आप ठीक हो जाते हैं। फिर भी, गंभीर या लगातार संक्रमणों के साथ-साथ कमजोर प्रतिरक्षा प्रणाली वाले व्यक्तियों में संक्रमणों के लिए आमतौर पर दवा की आवश्यकता होती है। चिकित्सक विशिष्ट प्रकार के परजीवी के आधार पर विभिन्न एंटीपैरासिटिक दवाएं लिख सकते हैं। दस्त के मामलों में, जटिलताओं को रोकने के लिए पर्याप्त तरल पदार्थ का सेवन सुनिश्चित करना भी अत्यंत महत्वपूर्ण है।