Des médicaments anthelminthiques, à la fois en vente libre et sur ordonnance, sont disponibles pour les infections par les oxyures. Le traitement se compose généralement de deux doses administrées à deux semaines d'intervalle. Afin de prévenir la réinfection et la propagation, il est souvent recommandé que les membres du ménage et les soignants soient traités simultanément avec l'individu infecté. Des pratiques d'hygiène rigoureuses sont essentielles pendant toute la durée du traitement et jusqu'à ce que toutes les doses soient terminées.

Les infections intestinales protozoaires, en revanche, ne nécessitent pas toujours de traitement. Les infections légères chez les individus en bonne santé se résolvent souvent spontanément en quelques semaines. Cependant, les infections graves ou persistantes, ainsi que les infections chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli, nécessitent généralement des médicaments. Les médecins peuvent prescrire divers médicaments antiparasitaires en fonction du type spécifique de parasite. En cas de diarrhée, il est également crucial d'assurer un apport hydrique suffisant pour prévenir les complications.