Tanto medicamentos anti-helmínticos de venda livre quanto os de prescrição médica estão disponíveis para infecções por oxiúros. O tratamento geralmente envolve duas doses administradas com duas semanas de intervalo. Para prevenir a reinfecção e a propagação, na maioria dos casos, recomenda-se que os membros da família e os cuidadores sejam tratados simultaneamente com o indivíduo infectado. Práticas de higiene rigorosas são essenciais durante todo o período de tratamento e até que todas as doses sejam concluídas.

As infecções intestinais por protozoários, no entanto, nem sempre requerem tratamento. Infecções leves em indivíduos saudáveis frequentemente se resolvem espontaneamente em algumas semanas. No entanto, infecções graves ou persistentes, bem como infecções em indivíduos com sistemas imunológicos enfraquecidos, geralmente necessitam de medicação. Os médicos podem prescrever vários medicamentos antiparasitários dependendo do tipo específico de parasita. Em casos de diarreia, garantir uma ingestão adequada de líquidos também é de importância crítica para prevenir complicações.