Kolonoskopi prosedürünün kendisi genellikle 20 dakika ile 1 saat arasında sürmektedir. İşlemin rahat geçmesini sağlamak amacıyla uygulanan sedasyon ilaçlarının etkilerinden hastanın tamamen kurtulması için ek olarak 1-2 saatlik bir gözlem süresi gerekebilir. Ayrıca, net görüntüler elde etmek için bağırsaklara verilen havadan kaynaklanan gaz ve şişkinlik hissinin giderilmesi genellikle 1-2 gün içinde düzelir.