O procedimento de colonoscopia em si geralmente dura entre 20 minutos e 1 hora. Os pacientes podem necessitar de 1 a 2 horas adicionais de observação para recuperar-se completamente dos efeitos da sedação administrada para garantir um procedimento confortável. Além disso, os gases e o inchaço causados pelo ar introduzido nos intestinos para obter imagens claras geralmente desaparecem em 1 a 2 dias.