कोलोनोस्कोपी की प्रक्रिया में आमतौर पर 20 मिनट से 1 घंटे का समय लगता है। आरामदायक प्रक्रिया सुनिश्चित करने के लिए दी गई बेहोशी की दवा (सेडेशन) के प्रभावों से पूरी तरह से उबरने के लिए मरीजों को 1-2 घंटे अतिरिक्त निगरानी की आवश्यकता हो सकती है। इसके अलावा, स्पष्ट चित्र प्राप्त करने के लिए आंतों में डाली गई हवा के कारण होने वाली गैस और सूजन आमतौर पर 1-2 दिनों के भीतर ठीक हो जाती है।