La procédure de coloscopie elle-même dure généralement entre 20 minutes et 1 heure. Les patients peuvent nécessiter 1 à 2 heures d'observation supplémentaires pour se remettre complètement des effets de la sédation administrée pour assurer un déroulement confortable de l'intervention. De plus, les gaz et les ballonnements causés par l'air introduit dans les intestins pour obtenir des images claires disparaissent généralement en 1 à 2 jours.