Emilim bozukluğunun tedavisi, altta yatan nedeni belirlemek ve ele almakla başlar. Örneğin, emilim bozukluğu Crohn hastalığından kaynaklanıyorsa, Crohn hastalığının ilaçlarla tedavisi emilim bozukluğunu çözecektir. Benzer şekilde, çölyak hastalığı sorunun kaynağıysa, glutensiz diyet uygulamak durumu hafifletecektir. Bu süreçte, hastalar genellikle beslenme eksikliklerini gidermek amacıyla kalsiyum, D vitamini, demir, folik asit ve B12 gibi önemli vitamin ve mineral takviyeleri alırlar. Kilo kaybı yaşayanlar için yüksek kalorili diyetler reçete edilebilir. Pankreas yetmezliği olan bireylere, yetersiz pankreas enzim salgısını telafi etmek için enzim replasman tedavisi uygulanır. Oral veya enteral beslenmenin yetersiz kaldığı durumlarda, damar yoluyla Total Parenteral Nütrisyon (TPN) kullanılır. Bu yöntem, hastanın özel ihtiyaçlarına göre hazırlanan besin çözeltilerinin gerekli kalori, vitamin ve mineralleri sağlamak üzere doğrudan kan dolaşımına verilmesini içerir.