Die Behandlung einer Malabsorption beginnt mit der Identifizierung und Behebung der zugrunde liegenden Ursache. Wenn die Malabsorption beispielsweise auf Morbus Crohn zurückzuführen ist, wird die medikamentöse Behandlung von Morbus Crohn die Malabsorption beheben. Wenn Zöliakie die Ursache ist, lindert die Einhaltung einer glutenfreien Diät das Problem. Während dieses Prozesses erhalten Patienten oft essentielle Vitamin- und Mineralstoffpräparate wie Kalzium, Vitamin D, Eisen, Folsäure und B12, um Ernährungsdefizite zu korrigieren. Bei Gewichtsverlust können hochkalorische Diäten verschrieben werden. Personen mit Pankreasinsuffizienz erhalten eine Enzymersatztherapie, um eine unzureichende Pankreasenzymsekretion auszugleichen. In Fällen, in denen die orale oder enterale Ernährung unzureichend ist, wird die totale parenterale Ernährung (TPN) über eine intravenöse Verabreichung eingesetzt. Diese Methode umfasst die direkte Zufuhr von Nährstofflösungen, die speziell auf die Bedürfnisse des Patienten zugeschnitten sind, in den Blutkreislauf, um die notwendigen Kalorien, Vitamine und Mineralien bereitzustellen.