O tratamento para a má absorção começa com a identificação e o tratamento da causa subjacente. Por exemplo, se a má absorção for devido à doença de Crohn, o tratamento da doença de Crohn com medicação resolverá a má absorção. De forma semelhante, se a doença celíaca for a culpada, a adoção de uma dieta sem glúten aliviará o problema. Durante este processo, os pacientes frequentemente recebem suplementos essenciais de vitaminas e minerais como cálcio, vitamina D, ferro, ácido fólico e B12 para corrigir deficiências nutricionais. Para aqueles que sofrem perda de peso, dietas de alta caloria podem ser prescritas. Indivíduos com insuficiência pancreática recebem terapia de reposição enzimática para compensar a secreção insuficiente de enzimas pancreáticas. Em casos onde a nutrição oral ou enteral é inadequada, a nutrição parenteral total (NPT) por administração intravenosa é utilizada. Este método envolve a entrega de soluções nutritivas, preparadas sob medida de acordo com as necessidades específicas do paciente, diretamente na corrente sanguínea para fornecer as calorias, vitaminas e minerais necessários.