Le traitement de la malabsorption commence par l'identification et le traitement de la cause sous-jacente. Par exemple, si la malabsorption est due à la maladie de Crohn, le traitement de la maladie de Crohn avec des médicaments résoudra la malabsorption. De même, si la maladie cœliaque est en cause, l'adoption d'un régime sans gluten atténuera le problème. Au cours de ce processus, les patients reçoivent souvent des suppléments essentiels de vitamines et de minéraux tels que le calcium, la vitamine D, le fer, l'acide folique et la vitamine B12 pour corriger les carences nutritionnelles. Pour ceux qui subissent une perte de poids, des régimes hypercaloriques peuvent être prescrits. Les personnes souffrant d'insuffisance pancréatique reçoivent une thérapie de remplacement enzymatique pour compenser une sécrétion insuffisante d'enzymes pancréatiques. Dans les cas où la nutrition orale ou entérale est inadéquate, la nutrition parentérale totale (NPT) par administration intraveineuse est utilisée. Cette méthode consiste à délivrer des solutions nutritives, préparées sur mesure selon les besoins spécifiques du patient, directement dans la circulation sanguine pour fournir les calories, vitamines et minéraux nécessaires.